Cette photo partagée par Phil Kilroy montre le chapeau de voyage de Sophie et son matériel d'écriture.
Au cours de sa longue vie, Sophie Barat fit face à plusieurs vagues d’épidémies qui affectèrent profondément les communautés et les écoles. Le choléra était une épidémie répandue et récurrente qui causait des milliers de morts dans le monde entier. C’était une maladie à combustion lente qui migrait lentement puis se déclenchait intensément à différents moments dans différents pays. Le choléra qui frappa Paris en 1832 eut son origine en Inde en 1816, puis se répandit en Chine, en Russie, en Pologne, et arriva jusqu’en Angleterre. La France aurait souhaité être épargnée, mais la maladie frappa la ville de Paris en 1832 et se répandit par tout le pays. Dans la seule ville de Paris 20,000 personnes moururent. Dans toute la France 100,000 périrent. Au fil du temps cette maladie migra jusqu' en Amérique du Nord et au Canada et puis revint en Europe. Le choléra frappa la ville de Rome en 1836 pendant que Sophie demeurait à la Villa Lante. Illustrant le caractère imprévisible de sa propagation, la Villa Lante ne fut pas atteinte par le choléra, mais la communauté et les élèves de la Trinité des Monts, juste à l’autre côté du Tibre, furent gravement touchées par la maladie. Plusieurs religieuses et élèves moururent.
Ce ne sont là que deux exemples. Sophie Barat fit preuve d'un esprit inventif et sa mobilité face aux épidémies, et son sens pratique l’amena à prendre vite des décisions. Cela apparaît clairement dans ses lettres circulaires à la Société, dans ses lettres personnelles aux responsables, mais aussi dans ses lettres aux économes, aux responsables des cuisines, de la buanderie, du ménage, des infirmeries et des fermes. Son désir le plus fréquemment exprimé était que les responsables des communautés et des écoles prennent des mesures préventives sérieuses afin de sauvegarder la santé des communautés et des élèves. Elle leur demandait que la qualité de nourriture et de repos soit soigneusement surveillée, et elle nommait spécifiquement les types principaux de nourriture qui devaient être de haute qualité et fournie aux cuisinières dans chaque cuisine. De cette manière, les religieuses dans les communautés et les élèves (dans les écoles) pouvaient être protégées des rhumes et des fièvres qui les rendaient propices aux effets des épidémies. Elle insista également pour qu’on demande régulièrement l’avis de médecins réputés. Cependant, beaucoup moururent ; cela lui causa une grande souffrance. D’autres maladies de proportions épidémiques survinrent pendant la vie de Sophie, parmi lesquelles la variole (qu’elle avait eue comme enfant), le paludisme et la diphtérie. Cependant, la maladie qui frappa particulièrement la Société, probablement plus que le choléra, ce fut la tuberculose, connue aussi sous le nom de la « Peste Blanche ». Celle-ci se transmettait facilement par la toux et les éternuements, et tuèrent de nombreuses jeunes religieuses et étudiantes.
La succession de guerres en Europe, à partir de la Révolution Française de 1789 jusqu’aux révolutions en 1830, 1848 et 1860, fut étroitement liée à l’expérience de la Société en matière d'épidémies. Celles-ci désorganisèrent la vie des communautés et des écoles, à un tel point que les écoles devaient être fermées temporairement et les communautés dispersées. Pendant les guerres, les écoles et les logements des religieuses furent parfois réquisitionnés comme hôpitaux par les militaires. Sophie Barat avait prévu tout cela, et, pour protéger la communauté et l’école, pendant la Révolution de 1848 à Paris, elle proposa de soigner les soldats blessés dans l’Hôtel Biron, rue de Varenne; ainsi, elle évita d’une manière soignée que le bâtiment soit réquisitionné et pillé. L’administration de la Société souffrit aussi. On dut retarder des Conciles Généraux, parfois de plusieurs années, certainement entre 1842 et 1851 et 1860-1864. Finalement, à la suite des épidémies, des guerres et des révolutions, beaucoup de femmes dans la Société souffrirent de graves traumatismes, et quelques-unes ne furent jamais complètement rétablies. Certaines souffrirent de crises sévères, et Sophie fut obligée de leur trouver des sanatoriums ou des asiles convenables, en espérant que ces religieuses puissent retourner dans leurs communautés. Et certaines d’entre elles y retournèrent, à son grand soulagement.
Les détails de toutes ces affaires sont consignés dans les 14,000 lettres originales de Madeleine-Sophie Barat, déposées dans les Archives Générales de la Société du Sacré-Cœur, Villa Lante, Rome. On peut y trouver également des lettres, des journaux et des registres des communautés, des journaux et des registres des écoles, des annonces de décès et des dossiers médicaux.